Najcenniejsze pod względem przyrodniczym fragmenty zostały objęte ochroną rezerwatową. Poniżej przedstawiamy krótką charakterystykę poszczególnych rezerwatów.

1. Rezerwat "Białowodzka Góra nad Dunajcem" - utworzony w 1961 r na powierzchni 67,69 ha na terenie nadleśnictwa Stary Sącz. Znajduje się w grzbiecie kończącym pasmo Łososińskie, (dwa większe wzniesienia na terenie rezerwatu to Zamczysko (608 m) i Rozdziele (617m), bezpośrednio nad zakolem Dunajca między Nowym Sączem a południowym skrajem Jeziora Rożnowskiego. Obejmuje on dobrze zachowane lasy gradowe, niegdyś typowe na tej wysokości. Występują tu w dużej ilości buk, lipa, świerk, jodła, sosna, kwitną również masowo storczyki. Wśród roślin naskalnych można spotkać rzadkie gatunki takie jak: czosnek skalny, okrzyn szerokolistny, kokoryczka wonna, irga czarna, przewiercień sierpowaty. Liczne jest również zbiorowisko roślin kserotermicznych: dąbrówka kosmata, rumian żółty, cieciorka pstra. Na Białowodzkiej Górze spotykamy okazy jarzębu brekini - jest to jedno z nielicznych stanowisk w tej części kraju. Rezerwat jest atrakcyjnym miejscem pod względem krajobrazowym. W kulminacji Zamczyska występuje kilka grzęd i wychodni skalnych, a widoki na Jezioro Rożnowskie z okolicznych polan i przecinek są bardzo piękne. Przedstawicielami fauny są: sarna, dzik, lis, borsuk, kuna leśna, dzięcioł i krogulec.
   
2. Rezerwat "Kamienna" utworzony 25 lipca 1997 r. na stokach Kamiennej i Pasierbieckiej Góry nad Żegociną, w północno-wschodniej części Beskidu Wyspowego. Na terenie rezerwatu o powierzchni 64,04 ha chroni się dobrze zachowany drzewostan jodłowo-bukowy.
   
3. Rezerwat leśny "Śnieżnica" utworzony w 1968 r. obejmuje wierzchołkowe partie środkowego szczytu Śnieżnicy nazywanego Wierchy (ok. 980 m). Aktualnie rezerwat ma stosunkowo niewielką powierzchnię 8,57 ha lecz ma być powiększony w perspektywie do 24,82 ha. Chroni się tutaj wspaniale zachowany drzewostan bukowy na północnych stokach, liczne ambony i wychodnie skalne na grzędzie grzbietowej. Pojawiają się tutaj sporadycznie wilk i ryś, za to często można spotkać jelenia, sarne, dzika i kunę leśną. Granica rezerwatu jest zaznaczona żółtymi paskami namalowanymi na drzewach.
   
4. Rezerwat przyrody nieożywionej "Luboń Wielki" utworzony w 1970 r. na powierzchni 11,80 ha, perspektywicznie ma być powiększony do 37,92 ha. Jest on położony na południowym, stromym stoku Lubonia Wielkiego. Obejmuje teren osuwiska fliszowego z bogactwem form skalnych: grzędy ambony, rumowiska skalne, rynnowate obniżenia. Przechodzi tędy żółty szlak turystyczny z Zarytego nazywany na tym odcinku "Percią Borkowskiego". W rezerwacie i jego najbliższej okolicy znajduje się ponadto kilka niewielkich jaskiń i schronisk skalnych. Wokół wspaniały las jodłowo-świerkowy.
   

W najbliższej przyszłości ma powstać leśny rezerwat na północnych stokach Kostrzy nad Szykiem i Wilkowiskiem. Zakończono już prace przygotowawcze (terenowe i studyjne) i rozporządzenie w sprawie powołania rezerwatu czeka jeszcze na podpis ministra. Chronić się tu będzie starodrzew bukowy i jodłowy, jedyne na terenu Beskidu Wyspowego stanowisko paproci języcznik zwyczajny a ponadto liczne stanowiska lilii złotogłów, paprotki zwyczajnej i marzanki wonnej.

Na obrzeżu Beskidu Wyspowego (Pogórze Wiśnickie) znajdują się jeszcze 2 rezerwaty: "Kamień Grzyb" koło Wiśnicza, chroniący potężną wychodnię piaskowca w kształcie grzyba oraz rezerwat "Bukowiec" nad Tymową w paśmie Mahulca i Śpilówki (las bukowy i stanowiska owocującego bluszczu).

Z innych form ochrony przyrody warto wspomnieć o Wiśnicko-Lipnickim Parku Krajobrazowym utworzonym decyzją wojewody tarnowskiego w 1997 r. na obszarze 14311 ha. W perspektywie planuje się utworzenie Łososińsko-Żegocińskiego Parku Krajobrazowego na obszarze gmin: Laskowa, Łososina, Jodłownik, Tymbark, Chełmiec, Limanowa oraz Parku Krajobrazowego Doliny Kamienicy (gminy Kamienica, Łącko, Tymbark, Dobra, Mszana Dolna).

Do najciekawszych pomników przyrody, licznie rozsianych na terenie Beskidu Wyspowego należą: "Kamienie Brodzińskiego" koło Rajbrotu, drzewa zabytkowe przy dworku w Kamienicy czy kościółku w Rabce, bądź też prastary wiąz przy ulicy Fabrycznej w Limanowej.