Jeśli chodzi o osobliwości flory drzewiastej to na pierwszym miejscu należy tu wymienić brzozę ojcowską. Gatunek ten został odkryty w 1805 r. w wąwozach rejonu Ojcowa i długo byt uważany za gatunek endemiczny tzn. nie występujący poza granicami Polski. Ostatnie badania dowiodły jego obecności w kilku innych krajach. W Karpatach brzoza ojcowska była znana tylko z jednego stanowiska koło Zembrzyc. Dopiero w 1987 r. prof. J. Nowak znalazł na szlaku nad Łukowicą wspaniałe stanowisko tego gatunku liczące ok. 1000 okazów. Innym, niezmiernie interesującym gatunkiem jest jarząb brekinia zwany także brzękiem. Posiada on niezwykle twarde drewno, jeszcze twardsze od buka. Miejscem najliczniejszego występowania brekini jest Białowodzka Góra nad Dunajcem i Ostra Góra nad Jeziorem Rożnowskim. Gatunek ten jest ciepłolubny, przywędrował z południa (tereny dzisiejszej Słowacji). Równie ciekawym gatunkiem ciepłolubnym jest kłokoczka południowa, której okazy na Białowodzkiej Górze są najbardziej na zachód wysuniętym stanowiskiem karpackim.

Świat zwierząt Beskidu Wyspowego jest stosunkowo ubogi. Jest to uwarunkowane przede wszystkim jego specyfiką geograficzną (pojedyncze i odosobnione "wyspy" górskie, a tym samym izolowane kompleksy leśne). Największe skupiska zwierzyny zachowały się jeszcze w dzikich ostępach leśnych rejonu Mogielicy i Jasienia. Znaczna część emigruje w pokryty szerszą połacią lasów Beskid Sądecki albo też w objęte ochroną zwarte kompleksy leśne Gorców. Współczesna fauna Beskidu Wyspowego składa się z różnych grup, tak pod względem pochodzenia, jak i wymagań ekologicznych. Najliczniejszą grupę stanowią gatunki pospolite (eurobiotyczne), przystosowane do bytowania w różnych warunkach klimatycznych i rozmaitych środowiskach.

Z dużych zwierząt tak charakterystycznych dla puszczy karpackiej nie spotkamy tu już niedźwiedzia, rysia czy żbika. Wątpliwe jest również pojawienie się wilka, choć niedawno realizowana na zlecenie gminy Słopnice analiza przyrodnicza wschodnich zboczy Mogielicy wskazuje na czasowe przebywanie tego drapieżnika. Nad wodami Dunajca żyją wydry, jednak obecnie spotkanie z nimi należy do rzadkości. Ze względu na masowe tępienie, ten wodny drapieżnik przestawił się na nowy tryb życia, przesypiając dzień w swoich kryjówkach. W lasach jak przed wiekami, króluje okazały jeleń. W ubiegłym stuleciu został prawie całkowicie wytępiony. Na szczęście, na skutek umiejętnych działań leśnych służb po II wojnie światowej, jego populacja powoli wzrastała, tak że aktualnie jest gatunkiem pospolitym. Najliczniejszym przedstawicielem kopytnych jest sama. W przeciwieństwie do jelenia nie unika obszarów podgórskich i bezleśnych, a jej pogłowie zmienia się w zależności od presji drapieżników i warunków klimatycznych. Dużym ssakiem kopytnym, dość często spotykanym w lasach Beskidu Wyspowego jest dzik. Z ptaków najczęściej spotkać można dzięcioła dużego, dzięcioła czarnego, myszołowa zwyczajnego, krogulca i jastrzębia gołębiarza. Interesującym gatunkiem jest również głuszec. Pojedyncze jego okazy można spotkać w lasach od Mogielicy po Modyń. Głuszce zaczynają wczesną wiosną swoje słynne tokowiska, od których wzięła nazwę jedna z gór (Cichoń - Tokoń). Warto omówić jeszcze ważniejszych przedstawicieli gadów. Najczęściej spotykane są padalce i zaskrońce, choć i spotkanie ze żmiją zygzakowatą nie należy do rzadkości. Przypomnijmy starą prawdę, żmija atakuje dopiero wtedy gdy jest mocno zaniepokojona przez człowieka, bądź też przypadkowo nadepnięta. Najnowsze badania dowodzą, że na skraju Beskidu Wyspowego w dolinie Dunajca odkryto również pojedyncze okazy największego z naszych węży - węża Eskulapa. Żyje on w nasłonecznionych, dobrze prześwietlonych lasach na południowych, wygrzanych stokach. Długość dorosłego osobnika waha się od 1,5 do 2 metrów. Okazy tego gatunku spotkano np. w Zarzeczu koło Łącka. Najbardziej popularnym i lubianym przez turystów płazem jest salamandra plamista.

Wielkie rzeki Beskidu Wyspowego - Dunajec i Rabę - zamieszkuje kilku ciekawych przedstawicieli krajowej ichtiofauny. Pospolite są pstrągi potokowe, lipień, kleń i okoń. W Dunajcu mieszkają trocie, które w górnym odcinku tej rzeki odbywają tarto. Niestety budowa zapór w Rożnowie i Niedzicy zakłóciła wędrówki, a tym samym ich rytm biologiczny Inną ciekawą rybą jest strzebla spotykana często w Rabie i w potokach wpadających do niej.

Niektórzy badacze nazw miejscowych próbowali od tej ryby wywieść nazwę szczytu Szczebel-Strzebel, aczkolwiek jest to hipoteza troszkę naciągana choćby z tego powodu, że nazwa ryby jest rodzaju żeńskiego.

Ozdobą lasów i polan w Beskidzie Wyspowym są bez wątpienia motyle. Można tu spotkać m. inn. niepylaka mnemozynę, pazia żeglarza, podbójkę rakuskę i wstęgówkę jesionkę.