Współczesny obraz flory i fauny Beskidu Wyspowego jest wynikiem długotrwałego działania czynników klimatycznych, geologicznych oraz gospodarczej działalności człowieka. Jeszcze 400-500 lat temu cały obszar pokrywała zwartym zasięgiem puszcza karpacka, łącząca się z kompleksami leśnymi Gorców i Beskidu Sądeckiego. Dopiero intensywna akcja osadnicza z XV i XVI w, posuwająca się początkowo głównymi dolinami Raby i Dunajca, a później w głąb gór spowodowała znaczne zmiany szaty roślinnej i zwierzęcej. Radykalna zmiana oblicza przyrodniczego nastąpiła również w XIX i XX w. w związku z rozwojem szałaśnictwa oraz ogólnym rozwojem gospodarczym, który pociągnął za sobą trzebież lasów i zajmowanie ich na pola uprawne. Intensywnie wycinano zwłaszcza buki, między innymi na węgiel drzewny do kuźnic i do produkcji szkła. Obecnie pozyskuje się je dla wysokiej jakości drewna. Podobnie z jodłami, które zaczęły zanikać w początkach XX w. na skutek tzw. "przecinania" lasu, a tym samym zubożenia wilgotnych, zacienionych siedlisk, niezbędnych do ich odradzania.

Aktualnie, w związku z wyjątkowo rabunkową gospodarką leśną, lasy beskidzkie zmieniają się w mało wartościowe młodniki świerkowe. Smutnym przykładem są tutaj południowe stoki Jasienia (1062 m) nad Białem i Lubomierzem, czy też lasy w masywie Mogielicy barbarzyńsko przetrzebione na początku lat dziewięćdziesiątych. Z kolei wzniesienia na północnych obrzeżach (np. Grodzisko i Kostrza) są narażone najmocniej na emisję spalin i wyziewów z zakładów przemysłowych rejonu Krakowa. Regresja lasu spowodowała jednocześnie ucieczkę części gatunków zwierząt, a zwłaszcza wielkich drapieżników, które przeniosły się bardziej na wschód, w większe kompleksy leśne Beskidu Sądeckiego i Niskiego. Według najnowszych badań lesistość Beskidu Wyspowego wynosi 42% obszaru. Ciekawostką jest fakt, że występuje tutaj najwięcej drzewostanów jodłowych w całej krainie karpackiej. Jodła na omawianym obszarze rzadko jednak tworzy lite drzewostany. Spotykana jest w reglu dolnym, gdzie występuje z bukiem i świerkiem. Buk zwyczajny można spotkać zazwyczaj w reglu dolnym. Najwartościowsze drzewostany znajdują się na wysokości 850-950 m. Pięknym przykładem wykształconej buczyny są lasy grzbietowe pasma Łososińskiego. Świerk został w większości wprowadzony sztucznie ze względu na szybki przyrost masy produkcyjnej. Charakteryzuje się niską odpornością na szkodliwe czynniki klimatyczne oraz opieńkę i kornika. Świerk pospolity jest gatunkiem naturalnie występującym w reglu górnym i wyższym piętrze regla dolnego, stąd też na terenię Beskidu Wyspowego mało jest naturalnych stanowisk (Mogielica, Ćwilin). Spośród gatunków domieszkowych wymienić należy sosnę, jawor, jesion i olszę szarą występującą wzdłuż cieków wodnych. Sporadycznie spotykane są także: wiąz górski, klon, lipa, grab i osika. Procentowy udział najważniejszych gatunków drzew przedstawia się następująco: jodła (50%), buk (17%), sosna (17%), świerk (13%).

Spotykane w Beskidzie Wyspowym zbiorowiska roślinne wykazują zróżnicowanie na poszczególnych wysokościach n.p.m. tworząc tzw. piętra roślinne.

1. Piętro pogórza sięga do wys. ok. 450-550 m. Dominującym zbiorowiskiem jest tutaj wielogatunkowy las liściasty - tzw. grąd subkontynentalny w odmianie małopolskiej. Typowy grąd; w skład którego wchodzi m. in. jawor, lipa, grab czy brekinia został znacznie przetrzebiony dlatego spotykamy go tylko fragmentarycznie (Białowodzka Góra nad Dunajcem). Innym typowym zbiorowiskiem piętra pogórza jest bór mieszany z udziałem sosny. Występuje on na słabszych glebach w rejonie spłaszczen i niższych wzniesień.
2. Regiel dolny rozciąga się od ok. 550-600 m do 1150 m n.p.m stąd w Beskidzie Wyspowym poza nielicznymi wyjątkami Ćwilin, Mogielica) jest piętrem najwyższym. Ważnym zbiorowiskiem jest tutaj żyzna buczyna karpacka wykształcona na siedliskach umiarkowanie wilgotnych i świeżych na glebach brunatnych Drzewostan tworzy głównie buk i jodła, rzadziej jawor. Podszycie jest skąpe. W reglu dolnym rozpowszechnione są bory jodłowo-świerkowe lub jodłowe.

Wśród zbiorowisk wtórnych najpoważniejszą rolę w reglu dolnym odgrywają łąki. Są to zbiorowiska na wpół naturalne, powstałe po wycięciu lasów i utrzymujące się dzięki koszeniu i wypasowi. Na glebach kwaśnych i podłożu bezwapiennym regla dolnego najbardziej rozpowszechnione są ubogie pastwiska z bliźniczką psią trawką i wrzosem. Wspomniana wyżej psia trawka jest gatunkiem synantropijnym, to znaczy pojawia się na skutek przemiany flory pod wpływem działalności człowieka. Obecność i mnogość gatunków synantropijnych w poszczególnych piętrach klimatycznych wskazuje na stopień zmian w przyrodzie spowodowanych ingerencją człowieka.

Przejdźmy teraz do przeglądu ciekawszych gatunków roślinnych występujących na terenie Beskidu Wyspowego. Na początku należy wspomnieć, że flora jest tu nieco uboższa od sąsiednich grup górskich (Gorce i Beskid Sądecki) choćby ze względu na mniejszą wysokość szczytów i w zasadzie brak piętra regla górnego. Niemniej spotykamy tu kilka miejsc występowania rzadkich i niezmiernie ciekawych gatunków Wśród roślin subalpejskich można wymienić kwiaty, które swoim wyglądem zwracają powszechną uwagę: miłosna górska, omieg górski, prosienicznik jednogiówkowy i jaskier platanolistny. Znane są one z piętra regla górnego, ale spotykamy je również w położeniach niższych. Najwięcej jest tutaj jednak gatunków ogólnogórsidch. Liczba ich dochodzi do 80. Dla przykładu wymienić można żywiec gruczołowaty lub storczycę kulistą. Omawiany obszar cechuje dość duży udział roślin kserotermicznych - ciepłolubnych. Rosną one na glebach płytkich, niekiedy skalistych, na nasłonecznionych stokach, zwłaszcza o ekspozycji południowej. Przeważnie występują na niższych terenach do ok. 600 m. Duże nagromadzenie roślin ciepłolubnych jest osobliwością botaniczną i może być wytłumaczone migracją tych roślin z terenów Słowacji doliną Dunajca. Właśnie w dolinie Dunajca spotykamy miejsca ich występowania: Białowodzka Góra, Chełmiecka Góra, okolice Trzetrzewiny. Znajdują się tu stanowiska pięciornika białego, gorysza sinego i nawrota lekarskiego. Mimo dużej jednolitości podłoża i braku skał wapiennych na terenie Beskidu Wyspowego występuje kilka gatunków wapieniolubnych (np. miesiącznica trwała czy kilka gatunków porostów). Występują one między innymi w Ujanowicach, Kamienicy i na Białowodzkiej Górze.